Biden sinh ngày 4 tháng 2 năm 1970,[10] trong Wilmington. Anh là con trai thứ hai của Neilia Biden (nhũ danh Hunter) và Joe Biden, người sau này đại diện cho Thượng viện Hoa Kỳ từ năm 1973 đến 2009 và từng là Phó Tổng thống Hoa Kỳ từ năm 2009 đến 2017.[2] Mẹ và em gái của Hunter Biden, Naomi, đã thiệt mạng trong một vụ tai nạn ô tô vào ngày 18/12/1972.[11][12] Biden và anh trai của mình, Beau, cũng bị thương nặng trong vụ tai nạn đó.[2] Hunter và Beau Biden sau đó đã khuyến khích cha mình kết hôn lần nữa,[13] và Jill Jacobs đã trở thành mẹ kế của Hunter và Beau vào năm 1977.[2] Chị gái cùng cha khác mẹ của Biden, Ashley, sinh năm 1981.[14]

Giống như cha và anh trai của mình, Biden đã theo học Học viện Arch mật, một trường trung học Công giáo tại Claymont, Del biết. Năm 1992, anh tốt nghiệp Đại học Georgetown với bằng cử nhân lịch sử. Trong năm sau khi tốt nghiệp đại học, anh làm tình nguyện viên Dòng Tên tại một nhà thờ ở Portland, Oregon, nơi anh gặp và cuối cùng kết hôn với Kathleen Buhle. Sau khi tham dự Trung tâm Luật Đại học Georgetown trong một năm, anh chuyển sang Trường Luật Yale, tốt nghiệp năm 1996.[2]